続・魔法科高校の劣等生 メイジアン・カンパニー(2‪)‬

メイジアン・カンパニーのメンバーは魔工院の設立準備を進めていた。達也は十師族の一員である八代家の隆雷に、学院長就任の打診をする。魔法資質保持者の人権自衛という目的のために、着実に行動していた。

そんな中、加工途中のレリックを狙った魔法師犯罪が勃発。その背後には人造レリック盗難事件の犯人が属していたUSNAの魔法至上主義過激派組織『FAIR』の影が……。達也はこれに対抗するために同じくUSNAの魔法団体『FEHR』との接触を試みる。

三つの組織が交わることでレリックを巡る争いが激化する――。